たかさん、こんにちは
米林です
> リソースファイルにメッセージを定義した内容を、
> S2JSFの h:message タグで表示する際に、
> 改行（brタグ）をしたいのですが、
> URLエンコードされてしまうためにうまく改行できません。
>
> message タグでのメッセージ表示時に、
> 改行する方法があれば、ぜひご教授ください。
<br/>タグではありませんが以下の方法ではいかがでしょうか？
メッセージで改行したい箇所に\nを入れる
throw new ValidatorException(new FacesMessage("改行\nテスト"));
HTML側では<pre>タグを使って\nをそのまま出力
<pre>
<span m:inject="h:message" m:for="hoge"/>
</pre>